当山は元々、湯島天神の別当寺であった天台宗喜見院の「宝珠弁財天堂」と称されていました。ときに元禄７(１６９４)年、喜見院第三世・宥海大僧都が、道真公とご縁の深い歓喜天（聖天さま）を弁財天堂に奉安したのが当山の開基で、尊像は比叡山から勧請した慈覚大師円仁作と伝えられております。当時は、現在の湯島天神男坂下が湯島天神の表門にあたり、太田道灌の御殿・皓月亭跡とも伝えられています。享保のころ、寺門維持のため幕府から「富くじ」が発行されました。江戸では、谷中感応寺(現・天王寺)、目黒瀧泉寺(目黒不動)、喜見院(湯島天神)が「江戸の三富」と言われ、大いに賑わいました。

当時の喜見院はかなりの境域がありましたが、明治維新の神仏分離令で惜しくも廃寺となりました。当然、弁財天堂もその影響を受けるところでしたが、聖天さまの御加護により湯島天神との本末関係を断つのみで、奇跡的に廃仏の難を逃れました。
単独の寺院として歩み出した当山は､建立当時の因縁により天台宗に属し､寺名を｢心城院｣と改めました｡

当山は､開基以来幾度となく発生した江戸の大火や関東大震災､東京大空襲の戦火にも遭うことなく法灯を伝えてきました。しかし、約３００年の風雪に耐えた本堂や庫裏は老朽化が甚だしくなり､近年に改修され寺観を一新しました｡

泉鏡花（明治６～昭和１４）は、『湯島詣』の中で、湯島天神下の一画を「かくれ里」と呼んで詳細に書いており、その中に「心城院の門も閉まって…」と夜の情景を記しています。また『婦系図』には、湯島天神でのお蔦と主税の別れの際、お蔦が天神男坂を下り、弁天様（当山）におみくじを引きに行く場面があります。

久保田万太郎（明治２２～昭和３８）は、天神下の情緒が好きで、わざわざ鎌倉から当山の２軒裏隣に引っ越してきました。当山に立ち寄っては「おみくじ」を引いたり、亀を見たりして一句、「きさらぎや　亀の子寺の　畳替」と詠みました。

鶯亭金升（慶応４～昭和２９）は、聖天さまの信仰が篤く、当山の信者となり、
「名　残したきものぞ　月の影」「怠るな　専売は　無き人の知恵」などといった自作自彫の板碑を奉納されました。

平岩弓枝（昭和７～）の時代小説、『御宿かわせみ２』の『迷子石』の冒頭には、「湯島天神の別当寺、喜見院の境内に、奇縁氷人石というのがあった。」とあります。現在、この奇縁氷人石（迷子石）は湯島天神境内にあります。